Statsselskapet Ukrzaliznytsia sier at godstrafikken blir stoppet fra og med dag, mens passasjertogene gradvis vil slutte å gå gjennom helgen.
– For å ta vare på sikkerheten til passasjerene stopper vi togrutene til Krim ved Novooleksijvka og Kherson, heter det i en kunngjøring fra statsjernbanen.
Selskapet sier ikke noe om hvilke farer for sikkerheten som har ført til beslutningen.
Novooleksijvka og Kherson er de to byene på det ukrainske fastlandet som ligger nær Krim. Halvøya er forbundet med resten av Ukraina gjennom to smale landtunger, og det er togtrafikken på disse som nå blir stoppet.
Se kart nederst i saken.
Det blir ikke sagt noe i kunngjøringen om hvor lenge jernbanetrafikken vil forbli stoppet.
- Les også:
Må ta ferge
Dermed blir det enda vanskeligere for de 2,3 millionene innbyggere på Krim å holde kontakten med andre områder.
Etter at Ukraina stoppet jernbaneforbindelsen er Krim-halvøyas eneste jernbaneforbindelse med omverden med ferge over Kerch-stredet lengst øst på halvøya.
Fergen krysser det drøyt tre kilometer stredet mellom Krim-halvøya og den russiske byen Port Kavkaz, men det fører til at togtrafikken tar mye lengre tid.
Mens passasjertoget fra Moskva til Simferopol på Krim har pleid å ta rundt 24 timer gjennom Ukraina, brukte toget 46 timer mellom de to byene da ruten startet opp 3. august i år.
Fortsatt er det flyforbindelse mellom Krims hovedstad Simferopol og noen russiske byer. Andre flyselskaper har stoppet alle ruter, blant annet til Kiev og Istanbul.
Historisk har Krim-halvøya hatt mange bånd til omverdenen, men disse kuttes nå i stadig større grad.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Kuttet strømmen for to dager siden
Dagens stopp i jernbanetrafikken kommer bare to dager etter at ukrainske myndigheter stoppet elektrisitetsleveransene til Krim-halvøya.
Ukraina leverer over 80 prosent av kraftforsyningen til Krim, og kuttet julaften strømmen uten varsel.
Det førte til stengte sykehus, trafikkøer og panikk rundt om på halvøya, skriver nyhetsbyrået AFP. Strømmen ble slått på igjen etter tre timer.
Den ukrainske energiministeren Volodjmyr Demchjshyn sier at grunnen til strømkutten er at hele Ukraina må spare strøm, og at det Krim ikke hadde fulgt opp de sparetiltakene de var blitt pålagt.
– Hvis det ikke er noe lys i Ukraina som kommer ikke de territoriene som er midlertidig kontrollert av Russland til å ha strøm heller, sier Demchjshyn.
Selv om Russland okkuperte og annekterte Krim i mars i år, har fortsatt halvøya fått det meste av forsyninger fra Ukraina.
Togstoppet og det midligertidige kuttet i kraftforsyningen kan tyde på en ny og hardere linje fra myndighetene i Kiev.