Wullf kunngjorde beslutningen på en pressekonferanse i Bellevue-slottet i Berlin klokken 11.00 fredag.
– Jeg trekker meg i dag som forbundspresident for at det raskt skal kunne finnes en etterfølger, sa Wulff.
– Tyskland trenger en president som ikke har tillit hos bare et flertall i befolkningen, men hos et bredt flertall, la han til.
Anklager
Wullf er anklaget for å ha mottatt et lån på 500.000 euro fra en venn som er forretningsmann.
Han skal heller ikke ha fortalt sannheten til delstatsparlamentet i Niedersachsen da han ble spurt ut om saken.
Saken fortsetter under bildet
Presidenten erkjente fredag at tillitsforholdet mellom ham og det tyske folket har blitt alvorlig skadet den siste tiden.
– På grunn av dette er det ikke lenger mulig å utøve presidentembetet både i Tyskland og i utlandet på den måten som det bør utøves, fastslo Wulff.
Den tyske forbundskansleren Angela Merkel skulle i dag hatt et møte med Italias statsminister Mario Monti i Roma, men det møtet er utsatt.
Truet media med «krig»
52 år gamle Wullf er også kritisert for å ha ringt til redaktøren av Tysklands største avis Bild og lagt igjen en melding på telefonsvareren der han truer avisen med krig om den fortsetter å skrive om hans privatøkonomi.
I tillegg til lånet fra forretningsmannen har Wullf blitt kritisert for å ha tatt imot gratis oppgraderinger på feriereiser for seg og medlemmer av familien.
Wullf skal også ha bodd gratis under ferier i villaer som tilhører rike tyske forretningsmenn.
Anklagene mot Wullf stammer fra perioden han var førsteminister i delstaten Niedersachsen, fra 2003 og frem til han ble valgt til president for halvannet år siden.
Merkels egen kandidat
Wullf var Angela Merkels kandidat da han ble valgt til president 30. juni 2010.
Han var imidlertid et lite populært valg, selv i hans og Merkels parti CDU, og ble først valgt etter tre avstemningsrunder i den tyske Forbundsdagen.
Etter den tyske forfatningen ligger det meste av makten hos forbundskansleren, mens presidentstillingen først og fremst er symbolsk.