Nestleder Figen Yüksekdağ anklages for å ha rost en væpnet kurdisk gruppe som opererer i Syria med støtte fra USA.
Lederen Salahattin Demirtaş skal ifølge myndighetene ha oppfordret folk til å ta til våpen under demonstrasjoner i byen Diyarbakir i fjor.
Risikerer 24 års fengsel
Tyrkiske myndigheter har en ganske vid forståelse av hva som kan kalles terrorvirksomhet.
Partileder Demirtaş risikerer inntil 24 år i fengsel hvis han blir funnet skyldig.
I valget i juni ble det prokurdiske partiet for første gang valgt inn i nasjonalforsamlingen med en oppslutning på 13 prosent.
Regjeringspartiet AKP mistet sitt rene flertall, og president Recep Tayyip Erdogan måtte gi opp sine planer om grunnlovsendinger som ville gi han videre fullmakter.
- Les også: Syriske kurdere hevder Tyrkia angrep dem
Politisk motivert
– Det at etterforskningen av de to kommer akkurat nå, viser at siktelsene er politisk motivert, sier Tyrkia-eksperten Gareth Jenkins til nyhetsbyrået DPA.
Han viser til at Tyrkia ikke har et uavhengig rettsvesen, og mener at det vil være en katastrofe for landet hvis sakene havner i retten.
– Resultatet kommer til å bli omfattende uro og konfrontasjon i samfunnet, og mange kurdiske politikere kommer til å bli arrestert, mener eksperten.
En hevn for valgsuksess
Tyrkias regjering gjennomfører nå luftangrep både mot ekstremistgruppen IS i Syria og mot den kurdiske PKK-geriljaen i Tyrkia og Nord-Irak.
– Målet med bombingen er ikke å bekjempe IS, men å svekke kurdernes posisjon i Nord-Syria, sier HDP-leder Demirtas.
Han mener også at luftangrepene er en hevn for partiets brakvalg i juni.
- Les også: Terrorbombe skaper frykt i Tyrkia
Harde kamper i vente
Tyrkiske myndigheter lover å fortsette kampen mot PKK i fjellområdene mellom Tyrkia og Irak.
– Vi skal ruinere hulene til terroristene, og hele Kandil-fjellene. Våre militære operasjoner fortsetter så lenge PKK og deres bakmenn ikke graver ned våpnene sine, uttalte skog- og vannminister Veysel Eroglu i Tyrkia fredag kveld.
Eroglu sa også at Tyrkia kjemper mot venstreradikale DHKP-C og Den islamske staten (IS) i tillegg til PKK, melder avisen Hurriyet.