Tirsdag ettermiddag lokal tid kom uværet til området rundt byen Nagasaki, opplyser landets meteorologiske institutt.
Vindstyrken nådde opp i 126 kilometer i timen, og tyfonen beveget seg nordover med en fart på 30 kilometer i timen.
I enkelte områder har det falt over en meter med regn siden søndag ettermiddag.
100.000 bedt om å evakuere
Over 100.000 mennesker har fått ordre om å forlate hjemmene sine på øya Kyushu, som er en av Japans største.
I fylket Miyazaki er åtte mennesker savnet etter at husene deres ble revet med av et jordskred. I nabofylket Kagoshima, sørvest på øya, er fire mennesker savnet etter et jordskred.
Politiet, hæren og brannvesen er mobilisert for å lete etter de savnede.
500 flykinger innstilt
Over 500 flyginger til og fra Sør-Japan ble innstilt tirsdag på grunn av værforholdene, ifølge rikskringkastingen NHK.
Tyfonen "Nabi" er svakere enn orkanen "Katrina", som brakte ødeleggelsene til New Orleans-området i USA, men uværet har en radius på nesten 30 mil, noe som er mer omfattende enn "Katrina".