Avgjørelsen var enstemmig, men retten kom samtidig frem til at det ikke var tilstrekkelig bevis for anklagene om tortur.
Tsjetsjenske Khadzomurat Jandijev ble borte under krigen med Russland, og fjernsynsopptak gjort av CNN som viser at en general truet med å drepe ham er blitt brukt for å bevise forsvinningen.
Håper på opprydning
Jandijevs mor gikk til sak mot russiske myndigheter. Hun håper at Den europeiske menneskerettsdomstolens avgjørelse kan bane vei for at det blir ryddet opp i de mange forsvinningssakene i Tsjetsjenia.
Moren ble tilkjent 35.000 euro, i overkant av 270.000 norske kroner, i oppreisning.
Russiske myndigheter har tre måneder på seg til å vurdere om de ønsker å anke avgjørelsen.
Opptil 5000 forsvunnet
Siden 1999 har mellom 3000 og 5000 mennesker forsvunnet i Tsjetsjenia, ifølge den russiske menneskerettsorganisasjonen Memorial.
Ifølge menneskerettsgrupper har russiske soldater, siden regjeringen sendte soldater inn i opprørsrepublikken Tsjetsjenia i 1999 for å slå ned frigjøringskampen, brukt bortføring, voldtekt og tortur som våpen i krigføringen.
Ifølge russiske myndigheter har situasjonen i krigsherjede Tsjetsjenia roet seg.