Trump sa allerede i valgkampen i 2016 at han ønsket å fortsette driften av leiren og «fylle den med noen fæle karer».
Tirsdagens kunngjøring innebærer likevel en formell helomvending etter Barack Obamas åtte år lange innsats for å tømme og stenge den omstridte leiren.
Ifølge den nye ordren forbeholder USA seg fortsatt retten til å plassere flere fiendtlige stridende i leiren på Cuba etter behov.
Presidenten vil be forsvarsministeren foreslå hvilke kriterier som skal legges til grunn når skjebnen til dem som tas til fange av USA i væpnet konflikt, skal avgjøres.
Presidentordren opprettholder et viktig virkemiddel for å beskytte USA og landets borgere mot pågående trusler. Å ta til fange fiender i en væpnet konflikt, er et lovlig og nødvendig virkemiddel, heter det i en uttalelse fra Det hvite hus.
I praksis er det trolig lite som vil endres, sier Lee Wolosky, som var Obamas spesialutsending til utenriksdepartementet for å jobbe med den da planlagte stengingen.
– Å signere en presidentordre endrer nok ikke så mye, men som en symbolhandling er det en stor forandring fra de to forgjengerne som ville stenge leiren og innså at den ikke tjente vår nasjonale sikkerhet, sier Wolosky, som er en av mange som mener Guantanamo har skadd USAs omdømme.
Leiren ble åpnet i 2002 av president George W. Bush. Året etter var det 680 innsatte i leiren, mens tallet nå er nede i 41 og har vært uendret siden Obama gikk av for et år siden.