De tre opprørerne var medlemmer av separatistbevegelsen GAM som brakte sammen med indonesiske soldater nord i Aceh søndag, skriver nyhetsbyrået Antara.
Fire mistenkte separatister skal ha blitt pågrepet etter sammenstøtene som fant sted til tross for en våpenhvile som skal sikre at nødhjelp til flomrammede kommer fram.