Pågripelsene ble gjort torsdag kveld og fredag morgen, opplyste Indonesias president Susilo Bambang Yudhoyono fredag.
– De ble arrestert og varetektsfengslet på grunnlag av arrestordre utstedt av Øst-Timors myndigheter, sier Yudhoyono.
– Alle tre er østtimoresiske soldater, ingen av dem er indonesiske statsborgere. For øyeblikket kan jeg ikke gi noen ytterligere detaljer, la han til.
Ramos-Horta ble alvorlig såret og brakt til Darwin i Australia i all hast da han ble rammet av flere skudd i attentatet 11. februar. Statsminister Xanana Gusmao unnslapp et angrep den samme dagen.
Les:
Ramos-Horta vendte torsdag hjem til Øst-Timor.