Skjelvet hadde en styrke på 7,8, og hadde sitt episenter 194 kilometer utenfor Bonin-øyene med en dybde på 676 kilometer.
Det er ikke sendt ut tsunamivarsel, og det er ikke meldt om personskader.
Rullebanene på Narita-flyplassen utenfor Tokyo ble stengt i en kort periode, og høyhastighetstoget fra Tokyo til Osaka måtte stanse på grunn av strømbrudd.
Ifølge AFP skal flere boligblokker ha svaiet i et minutts tid etter skjelvet, og flere bilalarmer gikk av. Ifølge AP skal det være enkelte strømbrudd i Tokyo.
Bonin-øyene har en befolkning på rundt 2500 personer. Det er usikkert om noen er skadet der.