Ulykken skjedde ved byen Giza, omtrent 30 kilometer fra Kairo.
Det ble først meldt om flere omkomne etter avsporingen, men dette er ikke blitt bekreftet fra offisielt hold.
Nyhetsbyrået reuters melder at 15 personer er skadd, og at at sikkerhetskilder benekter at noen har omkommet i ulykken.
– Toget sporet av uten at noen mistet livet. De skadde fikk behandling på et sykehus og kunne skrives ut etterpå, sier etterforskningssjef i Giza-politiet Kamal el-Daly til Reuters.
Angivelig skal passasjertoget ha kjørt inn i en godsvogn i forkant av avsporingen.
5 av de 15 vognene på toget skal ha veltet, før toget tok fyr.
Toget var på vei fra byen Sohag, sør for hovedstaden.
Det har vært en rekke alvorlige ulykker på tognettet i Egypt de siste årene. Den verste katastrofen skjedde i 2002, da 363 personer omkom etter at et tog tok fyr sør i landet.
I 2006 omkom 56 personer i en togkollisjon.
