Fransk politi opplyser at gjerningsmannen er skutt og drept.
To ofre er stukket i hjel, sier en lokal tjenestemann, Olivier de Mazieres, til AFP.
Den franske innenriksministeren opplyser at begge de drepte er kvinner.
Gjerningsmannen ropte «Allahu Akbar» under angrepet, opplyser tre politikilder ifølge Reuters.
Angrepet etterforskes som et terrorangrep.
Ber folk unngå området
Politiet i den sørfranske byen ber folk om å unngå området rundt stasjonen Saint-Charles.
Frankrikes innenriksminister Gerard Collomb skal være på vei til Marseille i forbindelse med hendelsen.
Frankrike har vært rammet av flere store terrorangrep de siste to årene. 130 mennesker mistet livet i angrepene i Paris november 2015. 86 personer ble drept i Nice i fjor.