Demonstrantene sto utenfor det egyptiske helsedepartementet da politiet skal ha begynt å skyte.
Uroen begynte etter at en blodig demonstrant hevdet at politiet hadde arrestert ham og banket ham opp, melder nyhetsbyrået AFP. Ifølge øyenvitner begynte den rasende folkemengden å kaste steiner mot opprørspolitiet.
I november ble 50 mennesker drept i forkant av landets første valg på nasjonalforsamling etter at tidligere president Hosni Mubarak ble styrtet.
Andre runde av valget var på torsdag, og foreløpige tall viste at de islamistiske partiene leder.
Aktivistene krever at de regjerende generalene må føre makten tilbake til en sivil regjering.
De militære, som har styrt landet siden president Hosni Mubarak ble fjernet i februar, sier de vil gå av, når en ny president er valgt i slutten av juni neste år.