Fem andre framstående tjenestemenn er også tiltalt.
Statsadvokatens kontor sier at de sju er tiltalt for brudd på menneskerettene og kan få alt fra ti års fengsel til dødsstraff dersom de blir funnet skyldig.
I tillegg til den tidligere guvernøren Abilio Jose Osorio Soares og eks-politisjefen Timbul Silaen er også tre militæroffiserer tiltalt. De to andre er en lokal politisjef og den ledende embetsmannen for Covalima-distriktet.
Indonesia er under sterkt press for å stille de ansvarlige for de blodige angrepene på uavhengighetsforkjemperne på Øst-Timor for retten.
Det ble opprettet en egen menneskerettsdomstol i landet i forrige måned. 18 mistenkte er navngitt. I månedene før og etter folkeavstemningen om uavhengighet for Øst-Timor i 1999 gjennomførte militsgrupper en voldelig kampanje med støtte fra indonesiske militære. Flere hundre mennesker ble drept og 80 prosent av infrastrukturen ble ødelagt.