Hoey er tidligere blitt tiltalt for ulovlig besittelse av eksplosiver og medlemskap i den forbudte organisasjonen Det virkelige IRA.
Dennne organisasjonen har har sagt at den stod bak bombeangrepet, som er betegnet som den verste voldshandlingen i Nord-Irland.
Over 300 mennesker ble såret i angrepet.
Hoey er tiltalt for 61 forhold i forbindelse med bomben, og for 15 andre forhold.
Tidligere er flere personer blitt dømt for medvirkning til angrepet, men den 35 år gamle Hoey er den første som blir tiltalt for sprengningen direkte.
Han ble arrestert i september 2003.