Flere av brorskapets kontorer i forskjellige egyptiske byer ble påtent fredag ettermiddag.
Statlig egyptisk tv melder om at kontorene til brorskapets parti, Frihets- og rettferdighetspartiet, i Suez, Port Said og Ismailia er satt i fyr av demonstranter. Noen steder kastet de stoler og annet inventar ut på gatene.
Det er også meldt om kraftige sammenstøt mellom politi og demonstranter i Alexandria, Assiut og Giza, i tillegg til massedemonstrasjonene på Tahrir-plassen i Kairo.
På Tahrir-plassen i Kairo avfyrte politiet tåregass mot demonstranter som hadde samlet seg der etter fredagsbønnen.
I kystbyen Alexandria har det også blitt meldt om kraftige sammenstøtene. Der har demonstranter nå tatt seg inn i kontorene til Det muslimske broskapet og ramponert bygningene.
Bakgrunnen for misnøyen er forordninger som Morsi utstedte torsdag, og som blir sett på som et statskupp.
– Ny farao
I går gikk tidligere leder for Atomenergibyrået og Nobels fredsprisvinner Mohamed ElBaradei ut og kalte Morsi Egypts nye farao. Han skal også delta i dagens demonstrasjon.
Mange har reagert på en av forordningene gjør det umulig å oppløse grunnlovsforsamlingen. Særlig siden ordningen ble utpekt av den egyptiske nasjonalforsamlingen i januar.
Presidentens tilhengere avviser dette og hevder beslutningen er et forsøk på å få fart på den langvarige og turbulente overgangen til demokrati.
Men en av presidentens rådgivere, den kristne Samir Morqoz, sa fredag at han går av i protest mot beslutningene.
– Jeg besluttet å gå av fordi presidenten og presidentens tjenestemenn ikke informerte meg om disse dekretene før de ble kunngjort. Jeg fikk vite om dem gjennom TV, sa han til avisen Al Ahram.
Sekulære og liberale krefter hevder forsamlingen er for dominert av islamister som vil gi grunnloven et sterkt religiøst preg.
Morsi: Jeg jobber for stabilitet
I tillegg erklærte Morsi onsdag at Abdel Maguid Mahmoud er avsatt som riksadvokat. Morsi har også tidligere forsøkt å få ham sparket, men det utløste en maktkamp mellom presidenten og grunnlovsdomstolen som Morsi tapte.
– Egypt er på vei mot frihet og demokrati. Jeg ønsker politisk stabilitet, sosial stabilitet og økonomisk stabilitet og det er det jeg jobber for, sa presidenten til demonstranter som var møtt opp utenfor presidentpalasset.
Morsi sa også at han var president for alle egyptere, ikke bare noen.
Sikkerheten er blitt skjerpet utenfor nasjonalforsamlingen, regjeringskontorer og innenriksdepartementet, som ikke ligger langt unna den kjente plassen hvor en rekke demonstrasjoner er blitt arrangert i forbindelse med den arabiske våren og regimeskiftet i Egypt.
Også tidligere i uka har det vært demonstasjoner på Tahrir-plassen, som var et sentralt møtested under den arabiske våren som førte til regimeskifte i Egypt.
Sekulære ungdommer har ledet an i demonstrasjonene og ropt slagord mot Det muslimske brorskap og president Morsi. Morsi selv avfeier kritikken og hevder at utviklingen nå går i riktig retning i Egypt.
– Det går nå, Gud være lovet, framover og ingen står i veien for oss, sa Morsi da han talte i en moské etter fredagsbønnen.
–Jeg oppfyller løftet om å tjene Gud og fedreland, og jeg konsulterer alle før jeg tar beslutninger, fortsatte han.
– Man seirer ikke uten å ha en klar plan, noe jeg har, la han til.