Det er tredje gang Tamiltigrene gjennomfører et luftangrep i løpet av bare noen uker.
Angrepet natt til søndag ble gjennomført som hevn for flyangrep mot tamilske områder ved Kilinochi, opplyser en talsmann for LTTE.
Tamiltigrene bombet olje- og gasslagringsanlegg, opplyser forsvarsdepartementet. Et lagringsanlegg for gass begynte å brenne 12 kilometer nord for hovedstaden, men det ble ikke påført store skader.
Et av lagrene tilhører Shell, som er Sri Lankas største produsent av gass. To personer ble skadd.
Den andre bomben traff et lagringsanlegg for olje 8 kilometer nord for Colombo. Anlegget ble ikke påført skade.
Mørkla hovedstaden
Det srilankiske forsvaret forsøkte å skyte ned flyet da det ble oppdaget på radaren. Forsvaret mørkla også hovedstaden og den internasjonale flyplassen. Fem personer ble skadd da regjeringssoldatene åpnet ild mot LTTE-flyet.
Svært mange av innbyggerne i Colombo satt og så på VM-finalen i cricket, der Sri Lanka spilte mot Australia, da byen ble mørklagt.
– Vi satt og så på kampen da lyset gikk. Noen minutter senere ble himmelen lyst opp av antiluftskyts, forteller Shivantha Fernandopulle til BBC.
Hevnangrep
Bare få timer etter Tamiltigrenes angrep mot Colombo, bombet det srilankiske forsvaret LTTE-posisjoner nord på øya.
Det var søndag morgen ikke kommet rapporter om sårede eller drepte.
Tamiltigrenes talsmann Rasiah Illanthiriyan opplyste til det tamilvennlige nettstedet Tamilnet søndag at opprørernes oppdrag var vellykket og at de hadde returnert til flybasen i den nordlige Wanni-regionen.
Tamiltigrene er trolig den eneste geriljabevegelsen i verden med eget flyvåpen. Det består trolig av to til fem lette småfly som er smuglet inn i landet i deler og montert sammen i områdene som er kontrollert av Tamiltigrene.