Bomben gikk av utenfor et bakeri i den travle gågaten Victor Hugo ved 17:30-tiden fredag kveld.
En politikilde skal ifølge Le Monde ha sagt at pakkebomben inneholdt spikere. Politiet leter nå etter en mann som skal ha plassert bomben utenfor bakeriet og stukket av gårde på sykkel.
Hendelsen etterforskes av myndighetene som et mulig terrorangrep.
Ifølge lokalavisen Le Progrès skal de skadde, deriblant en jente på åtte år, ha fått splintskader i beina. Ingen av dem skal være livstruende skadd.
Det offisielle tallet på antall skadde er syv, men franske Le Figaro skriver at det er snakk om minst 13 skadde.
Le Pen: Et terrorangrep
Frankrikes president Emmanuel Macron kaller eksplosjonen for et angrep, og understreker at det foreløpig ikke er meldt om noen omkomne.
Leder Marine Le Pen for partiet Nasjonal samling beskriver eksplosjonen som et terrorangrep på Twitter.
Innenriksminister Christophe Castaner skriver på Twitter at han har besluttet å skjerpe sikkerheten på offentlige plasser, og under sportslige og kulturelle arrangementer.
Fredag ettermiddag er flere metrostasjoner i nærheten av åstedet sperret av.
Bilder publisert i sosiale medier viser glass på asfalten fra vinduer som ble knust da bomben gikk av.
Det er også høy tilstedeværelse av nødetater og folk som har samlet seg i området der eksplosjonen fant sted.
– Tydelig at folk var redde
NRKs reporter Gro Ravnestad er på ferie i Lyon og befinner seg like ved gaten der bomben gikk av.
Hun forteller at de søkte ly i en butikk etter at de hørte et kraftig smell.
– Lenger nede i gaten kom folk løpende mot oss, og det var tydelig at folk var veldig redde etter å ha hørt smellet.
Ravnestad sier at det ikke tok lang tid før nødetatene var på plass.
Da de gikk tilbake til området der bomben gikk av for å se hva som hadde skjedd, ble de møtt med tungt bevæpnet politi.
– Det er helt tydelig at dette er en hendelse som blir tatt på alvor, sier hun og legger til at gaten nå er sperret av.