Vindkastene har en fart på 162 kilometer i timen, og tyfonen «Halong» beveger seg nå nordøstover i 40 kilometer i timen.
Supertyfonen traff Tokyo i ettermiddag.
Én person har omkommet og 70 er skadet, opplyser nyhetsbyrået Ap. Totalt er nærmere 1,6 millioner mennesker evakuert.
Ifølge Japans meteorologiske institutt beveger tyfonen seg nå vekk fra den japanske øygruppen.
Leter etter savnet mann
I Wakayama-område, som ligger i Kansairegionen på den japanske øya Honshū, leter Kystvakten etter mann som har vært ute og surfet da uværet rammet regionen.
– Ifølge vitner drev en mann i våtdrakt 30 meter fra land før han forsvant, opplyser lokalt politi.
Kystvakten har sendt helikoptre til stedet for å lete etter mannen.
Noe mindre enn fryktet
Tyfonen har gjort store skader på bygninger og det er massive ødeleggelser.
Landets meteorologiske institutt sendte ut tyfonvarsel tidligere denne uken, og ble klassifisert som en supertyfon på høyeste kraft-nivå, rødt.
Det var antatt at den ville ha en fart på opp mot 200 kilometer i timen. All flytrafikk er midlertidig stanset, melder Ap.