Det mellomamerikanske landet blir dermed det første som følger USAs eksempel etter Donald Trumps omstridte anerkjennelse av Jerusalem som Israels hovedstad.
Guatemala var også ett av ni land som stemte mot en resolusjon i FNs hovedforsamling som tok avstand fra Trumps beslutning.
Uklar tidsplan
Både Donald Trump og hans guatemalske kollega Jimmy Morales går nå inn for å flytte landets ambassader fra Tel Aviv til Jerusalem. Ingen av dem har foreløpig kunngjort noen tidsplan for flyttingen.
Israel og Guatemala har tette diplomatiske forbindelser og samarbeider innenfor sikkerhetsspørsmål. Israel har også omfattende våpeneksport til Guatemala.
Morales skrev på Facebook søndag at han nå har instruert utenriksdepartement og gitt føringer om å flytte ambassaden. Det skjedde etter samtaler med Israels statsminister Benjamin Netanyahu.
Guatemalas president fortalte videre at han og Netanyahu også snakket om de gode relasjonene som er mellom de to landene. De to statene har hatt et svært godt forhold helt siden opprettelsen av Israel, ifølge Morales.
Israelske myndigheter har allerede sendt gratulasjoner til Guatemalas president og mener han har tatt en "modig beslutning".
Benjamin Netanyahu har tidligere varslet at flere land vil følge USA og flytte sine ambassader.
Ingen andre land har sin ambassade i Jerusalem. I tillegg til USA og Guatemala har også Tsjekkia har signalisert at landet vurderer å flytte sin ambassade til byen.
Tolv palestinere drept
Israel gjør krav på hele Jerusalem som sin hovedstad og har okkupert den østre delen av
byen, som palestinerne gjør krav på. Donald Trumps beslutning brøt med flere tiårs diplomatisk praksis, og en rekke statsleder har gjentatte ganger sagt at Jerusalems status må avgjøres gjennom forhandlinger mellom israelerne og palestinerne.
USAs anerkjennelse utløste en bølge av sammenstøt mellom palestinere og israelske sikkerhetsstyrker. Tolv palestinere har mistet livet.