Nær 300 demonstranter tok del i protestene, de sa de fryktet at den Leger uten grenser-styrte klinikken skulle føre med seg enda mer sykdom til kystbyen som er blant de hardest rammede den siste uken.
Ifølge tall fra FN har så langt 284 personer mistet livet, og 3769 skal ha blitt infisert med sykdommen.
– Må forklare at det ikke er en risiko
Klinikken som nå har åpnet i byen har som formål å gjenopprette væskeunderskuddet til de rammede, som er kraftig dehydrert, og behandle de syke.
– I løpet av de kommende dagene skal vi jobbe med samfunnet og forklare for dem at det ikke er noen risiko ved å huse slike fasiliteter, forteller Francisco Otero fra spanske Leger uten grenser.
Les også:
Les mer:
Flere generasjoner siden siste utbrudd
Tirsdag ble, ifølge FN, 420 nye sykdomstilfeller bekreftet og 25 dødsfall.
Hjelpearbeidere jobber på spreng for å stanse spredningen av sykdommen, som ikke har vært tilstede på Haiti på flere generasjoner.
Byens millioner av innbyggere fikk beskjeder over høytalere om å være påpasselige med håndvask for å hindre smitte.