Minst 10 mennesker er drept i kampene. Nå evakuerer FN sitt personale fra deler av Sør-Sudan.
FN-styrken og sudanske soldater, som overvåker våpenhvilen, har grepet inn for å stanse kampene.
FN trekker ut folk etter sammenstøtene, som har vært mellom den sudanske hæren og den tidligere opprørsgruppen SPLA.
240 FN-folk trukket ut
FNs generalsekretær Kofi Annan sier han er dypt bekymret over sammenstøtene.
Fredsavtalen mellom regjeringen i hovedstaden Khartoum og SPLA-geriljaen i Sør-Sudan gjorde slutt på Afrikas mest langvarige borgerkrig. Fredsavtalen ble undertegnet etter en våpenhvile og en påfølgende langvarig, der også Norge spilte en aktiv rolle.
Det har i det siste vært uro og flere sammenstøt i Sør-Sudan, blant annet i byen Malakal. FN har midlertidig evakuert 240 medarbeidere fra byen.
Ifølge sudansk presse brøt kampene ut i begynnelsen av uka.