– Tre jenter og seks gutter døde, sier polititalspersonen Billy Jones til det sørafrikanske nyhetsbyrået SAPA.
Ulykken skjedde ved en jernbaneovergang i en forstad nord for Cape Town. Vitner sier de så at minibussen kjørte rundt en nedsenket bom ved skinnene.
Fem barn ble skadet, og alle ble sendt til sykehus. Tilstanden for ett av dem er kritisk, for de fire andre er tilstanden alvorlig.
De 13 barna mellom åtte og elleve år som satt i bussen var på vei til skolen, sier en talsperson for redningsmannskapene.
Alle beskyttelsesmekanismer fungerte slik de skulle ved jernbaneovergangen, har sørafrikanske jernbanemyndigheter uttalt.
Politiet har derfor åpnet en drapsetterforskning. Bussjåføren, som også ble skadet i ulykken, kan bli tiltalt for drap.
LES OGSÅ: Nelson Mandelas oldebarn døde i trafikkulykke
LES OGSÅ: Åpen seremoni for Mandelas oldebarn