Mohammad Bahr al-Uloum var på vei over en bru i Bagdad da soldatene åpnet ild, opplyser styringsrådet i en kunngjøring.
En talsmann for de amerikanske styrkene skal ha bedt ham om unnskyldning og forklart at soldatene skjøt fordi de trodde bilen var stjålet.
Bahr al-Uloum er muslimsk prest og har bodd i eksil i London. Han har vært kritisk til USAs politikk i Irak og mener at irakere selv burde få større ansvar for sikkerhetssituasjonen.
Fem drept i Falluja
Fem irakere er drept og tre såret etter at amerikanske soldater skjøt mot en lastebil i nærheten av byen Falluja vest for Bagdad.
Familiene til de fem mener at amerikanerne angrep uten grunn da lastebilen, som kom kjørende fra en kyllingfarm, var i nærheten av en kontrollpost.
En talsmann for de amerikanske styrkene sier at soldater i går kveld drepte fem "militante fiender" som først skal ha innledet et angrep. Han opplyste ikke om de fem er de samme som kom fra kyllingfarmen.