Onoda ble en verdenssensasjon da han lot seg overtale til å komme ut fra sitt skjulested i den filippinske jungelen i 1974.
Torsdag døde 91-åringen på sykehus i Tokyo etter hjertesvikt, skriver The Guardian.
Onoda og tre andre medsoldater trakk inn i jungelen i 1945 da amerikanske og filippinske styrker landet på øya de skulle beskytte.
De tre fortsatte kampen i keiserens navn som geriljasoldater, hvor de skal ha drept så mange som 30 personer, som de trodde tilhørte fienden.
Fortsatte kampen alene
Deres eksistens ble kjent da en av de lojale soldatene valgte å dra tilbake til sivilisasjonen i 1950. Hans siste gjenlevende kamerat ble drept i en skuddveksling i 1972.
Onoda valgte imidlertid å fortsette kampen alene et par år til en av hans tidligere overordnende dro til øya hvor han befant seg, og klarte å overtale ham om at krigen faktisk var over.
Den filippinske presidenten, Ferdinand Marcos, ga den standhaftige soldaten amnesti for drapene han hadde begått fordi omstendighetene var såpass spesielle.
Rost for sin viljestyrke
I 1974 overga den lojale soldaten seg formelt i sin gamle uniform med tilhørende skyggelue og sverd, 30 år etter at han fikk ordren om at han ikke under noen omstendighet skulle overgi seg eller ta sitt eget liv.
Ifølge avisa berømmet en talsperson for den japanske regjeringa Onodas enorme viljestyrke.
Onoda var en av mange japanske soldater som tilbrakte flere år i skjul i god tro på at andre verdenskrig ikke var over, og at fremstøt for å overbevise dem om dette kun var en del av fiendens propaganda.