Jenta ble sist sett i 15-tida fredag mens hun lekte på lekeplassen i nærheten av leilighetshuset der hun bodde.
– Hun ble meldt savnet av pårørende i 23.30-tida samme kveld, opplyser politiets talsperson Irina Steirer til nyhetsbyrået APA.
Politiet satte i gang søk etter jenta i distriktet Döbling. Det var søppeltømmere som fant jenta død da de kom for å tømme konteineren lørdag morgen. Liket var pakket inn i en plastsekk.
Pårørende har bekreftet identiteten til jenta.
Politiet har startet drapsetterforskning.