Soldatene skal ha avfyrt tåregass mot handlende palestinere i sentrum av byen, sier øyenvitner til nyhetsbyrået Reuters.
En israelsk militær kilde bekrefter at det er innført portforbud.
Den israelske innrykkingen skjer etter at den israelske hæren trakk seg ut av sentrum av Betlehem julaften.
Soldatene skulle holde seg borte i hele julehøytiden.