Samuel Musabyimana var biskop i Shyogwe da folkemordet mot 800 000 tutsier og politisk moderate hutuer fant sted i 1994.
Ifølge hans advokat ble Musabyimana arrestert utenfor sin leilighet i Nairobi, der han har bodd siden i fjor.
Han ble først arrestert i Sør-Afrika i august, men på grunn av en glipp ble han deportert til Kenya og deretter løslatt, bare dager før han skulle hentes av etterforskere fra FN.
Biskopen er ettersøkt av krigsforbryterdomstolen i Arusha i Tanzania for folkemord og forbrytelser mot menneskeheten.
Han reiste til Sør-Afrika i fjor med falskt pass.