Partene har sittet i fredsforhandlinger i Pretoria siden
torsdag for å løse den innfløkte konflikten.
To millioner mennesker har mistet livet i landet siden 1998, de fleste på grunn av sult og sykdom.
- De er kommet til enighet, sa Sør-Afrikas visepresident Jacob Zuma på en pressekonferanse. Han ville ikke gi flere detaljer før presidentene i Rwanda og Kongo var underrettet.
Ifølge avtalen skal Rwanda trekke støtten til opprørerne mot at Kongo kaster ut rwandiske geriljastyrker som har søkt tilflukt i Kongo.
Selv om tilsammen ni afrikanske land er innblandet i borgerkrigen i Kongo, er det Rwandas støtte til opprørerne som har vært det største fredshinderet.