Kystvakten bekrefter at det russiske fartøyet «Liman» har sunket etter kollisjonen, og at alle de 78 om bord er berget.
Det skal ha vært tett tåke og derfor dårlig sikt i området.
Ulykken skjedde i tyrkisk farvann, rundt 40 kilometer nordvest for Bosporosstredet torsdag.
Det russiske forsvaret jobber med å identifisere eieren av det andre skipet, en Ashot-7. Alle som var om bord skal være reddet.
Russiske medier oppgir et annet navn på lasteskipet og hevder at det dreier seg om Youzarsif H, som skal være registrert i Togo, skriver NTB.
Nato-øvelse
Tyrkias statlige nyhetsbyrå, Anadolu, melder at statsminister Binali Yildirim har snakket med sin russiske kollega og uttrykt støtte.
Det russiske fartøyet er opprinnelig et forskningsskip av typen Liman som den russiske marinen har gjort om til et rekognoseringsfartøy, skriver AFP. Skipet inngår i Russlands svartehavsflåte og skal ha en radarstasjon om bord, samt annet avansert utstyr for å overvåke ubåter og skip.
Militære kilder i Russland opplyser til russiske medier at skipet i februar var i Svartehavet for å overvåke Natos marineøvelse Sea Shield.