Byen hadde vært kontrollert av opprørere i en måned.
Opprørerne i Bevegelsen for frihet og likhet (JEM) bekreftet torsdag at de hadde trukket seg ut av byen. De hevdet imidlertid at tilbaketrekkingen skjedde for å avverge at sivile ble drept i kryssild mellom dem selv og regjeringssoldatene.
LES:
Sudans regjering har bedt en fredsbevarende styrke med soldater fra FN og den afrikanske unionen AU trekke seg bort fra Muhajiriya.
FN tilbakeviser imidlertid kravet og framholder at organisasjonen må beskytte tusener av sivile om oppholder seg i området.
Spent situasjon
Situasjonen i Darfur er spent foran Den internasjonale straffedomstolen ICCs beslutning om hvorvidt den skal reise siktelse mot Sudans president Omar Hassan al-Bashir.
Bashir anklages for å stå bak folkemord og krigsforbrytelser i Darfur.
LES:
2,5 millioner på flukt
Konflikten i Darfur brøt ut i 2003, da stammefolk grep til våpen i protest mot det de kalte flere tiår med diskriminering fra Khartoum-regjeringens side.
Opp til 300.000 mennesker er drept og 2,5 millioner drevet på flukt under krigen i regionen.