Den 23 år gamle prinsen har vært i den urolige Helmand-provinsen sør i Afghanistan i ti uker.
Hovedtyngden av den britiske ISAF-styrken på 7.800 soldater holder til i dette området, ifølge departementet.
Oppholdet har vært holdt hemmelig til nå, etter at flere nyhetsorganisasjoner inngikk en avtale med britiske myndigheter. Torsdag ble historien lekket av et australsk nyhetsmagasin og en tysk avis.
Som en del av den nå brutte presseavtalen har flere journalister fått besøke prins Harry i Helmand, på betingelse av at ingenting blir publisert før prinsen er trygt tilbake i Storbritannia. Etter planen skal prinsen være til sammen fire måneder i Afghanistan.
Det britiske forsvarsdepartementet vurderer nå om det er forsvarlig å holde prinsen i Afghanistan etter lekkasjen.
– Forsvarssjefen vil komme med en uttalelse om situasjonen om kort tid. Alt jeg kan si nå er at vi revurderer hans tilstedeværelse i Afghanistan, sier en talsmann for forsvarsdepartementet.
I mai fjor vurderte det britiske forsvaret å sende prins Harry til Irak. Men den gang ble sikkerhetsrisikoen vurdert som for farlig, og planene ble skrinlagt
De siste ukene er flere britiske soldater drept i Afghanistan.