Ifølge nyhetskanalen TVI24 skal det dreie seg om flere titalls personer som ikke er prioritert, men som likevel har fått de dyrebare vaksinedråpene.
Blant dem som skal ha sneket i køen er flere guvernører, ektemannen til en lege og mora til en prest, skriver Reuters.
Det bryter med beslutninga om at det er helsearbeidere, beboere på sykehjem og de over 80 år som har førsteretten på vaksinene.
Nyheten fikk både politikere, fagforeninger og vanlige portugisere til å reagere.
– Vaksinesvindel ødelegger folks tillit til institusjonene. Vaksinene er en knapp ressurs. Svindel kan forsinke målet om å beskytte de mest sårbare, skrev sykepleier Mario Macedo på Twitter.
Opposisjonspartiet PSD krever at køsniking straffes.
Vaksinesjef trakk seg
Nå har Riksadvokaten bedt politiet etterforske tilfellene som er rapportert inn fra hele landet.
Onsdag trakk Portugals vaksinesjef Francisco Ramos seg fra stillinga sin. Begrunnelsen var «uregelmessigheter» i fordeling av vaksiner ved et sykehus han selv er sjef for.
Ifølge statsminister António Costa har ikke avsettelsen noe med selve vaksinasjonsplanen å gjøre. Ifølge ham er den nasjonale planen vellykket, skriver Diário de Noticias.
I likhet med andre europeiske land har Portugal heller ikke fått vaksinene like raskt som ønsket.
Av landets over ti millioner innbyggere har kun 365.000 så langt fått vaksine. 85.000 av disse har fått to doser.
Med dagens tempo når Portugal målet om å vaksinere 70 prosent av den voksne befolkninga først i 2023. Målet var i sommer, skriver AP.
Helsemyndighetene forsøker å berolige portugiserne. Helsedirektør Graça Freitas ber folk å om å fortsatt ha tillit til vaksineplanen.
– Alle skal bli vaksinert, men vi kan ikke få vaksine samtidig alle sammen, sa Freitas.
Tegn til at det verste er over
I slutten av januar fikk Portugal det høyeste smittetrykket i verden sammenliknet med folketallet.
Den tredje smittebølgen slo inn da virusvarianten som ble oppdaget i England kom inn etter at en del restriksjoner ble lettet ved juletider.
Antallet nye smittede og døde skjøt i været. Ambulanser stod flere timer i kø utenfor Lisboas største sykehus Santa Maria. Tyskerne sendte helsepersonell, senger og respiratorer.
De siste fem dagene har smitten omsider begynte å flate ut. Trolig fordi Portugal har vært stengt i over to uker.
Onsdag sa virolog Pedro Simas til AFP at Portugal var det «verste landet i verden».
– Men vi ser allerede tegn til forbedring.
Han og andre eksperter tror at det verste nå er forbi i flere regioner.
Smitten i nabolandene flater ut
13.482 portugisere har hittil mistet livet som følge av korona. Over 5000 av dødsfallene skjedde i januar.
Selv om dødstallene fortsatt er høye, ser det ut som om nabolandet Spania også er på vei ut av den tredje smittetoppen.
Denne uka passerte Spania formelt 60.000 døde knyttet til korona.
Ifølge Det europeiske smittevernbyrået er Storbritannia, Italia, Frankrike, Russland og Spania landene i Europa som har flest dødsfall som følge av korona nå.
Smittetrykket i Italia ser også ut til å synke, mens antallet smittede i Hellas begynte å stige fra midten av januar.