Ifølge den britiske nyhetskanalen Sky News trekker Yates seg fra toppstillingen i Scotland Yard etter å ha blitt informert om at han vil bli suspendert fra jobben om kort tid.
Yates avgang skjer bare en dag etter at Scotland Yard-sjef, Paul Stephenson, annonserte at han trekker seg.
Ifølge en kunngjøring fra Scotland Yard skal Yates uttale seg om avgangen senere mandag, skriver BBC.
Tette bånd
Både Yates og Stephenson har vært under sterkt press etter at det ble kjent at de begge har hatt nære bånd til den tidligere News of The World-redaktøren Neil Wallis.
Wallis ble ansatt som rådgiver i Scotland Yard høsten 2009. I samme periode besluttet John Yates at avlyttingssaken mot skandaleavisen News of the World ikke skulle gjenopptas.
Under en høring i det britiske Underhuset i forrige uke innrømmet Yates at dette var en «svært dårlig beslutning».
Politisjefen sa også at han tok avgjørelsen om å lukke saken mot avisen etter bare en dags arbeid, til tross for at saken involverte over 11.000 sider med nye dokumenter.
Les også: David Cameron innkaller til hastemøte om avisskandalen
