Operasjonen var vellykket, sier en talsmann for Vatikanet. Den varte i 30 minutter, melder italienske nyhetsbyråer.
Legene har foretatt såkalt trakeotomi; et inngrep som består av et kutt i halsen inn i luftrøret for å lette på pusteproblemer.
Den 84 år gamle Paven ble i dag kjørt i all hast til Gemelli-sykehuset i Roma.
Paven fikk et tilbakefall etter influensaproblemene han hadde tidligere denne måneden. Tilstanden var så alvorlig at man fryktet at han ville bli kvalt, melder NRKs medarbeider i Roma.
En anonym kilde sa tidligere i dag til italiensk fjensyn at paven pustet ved hjelp av surstoffmaske.
En italiensk spesialist på trakeotomi sa til fjernsynet at det er alvorlig fare for infeksjoner etter disse operasjonene.
Det er bare to uker siden sist paven ble behandlet for influensa, og ekspertene mener at paven er svakere enn noen gang.