Ambulanser, ambulansehelikoptre og brannmannskaper er på ulykkesstedet utenfor Stonehaven, 25 kilometer sør for Aberdeen.
Tre personer er bekreftet døde og seks personer er sendt til sykehus med mindre alvorlige skader, melder det britiske transportpolitiet til nyhetsbyrået.
Føreren av passasjertoget er en av de omkomne, melder lokalavisen The Press and Journal.
Jordskred kan være grunnen
Toget var på vei fra Aberdeen til Glasgow da det sporet av i et skogsområde i et dalsøkk i 9.45-tida lokal tid onsdag.
Et jordskred kan ha forårsaket ulykken.
Ifølge en journalist fra BBC Radio 4 the World at One, merket lokføreren et jordskred. Lokføreren valgte så å kjøre tilbake til den forrige stasjonen, Stonehaven.
På vegen tilbake skal toget ha truffet et annet jordskred som førte til at fem av de seks vognene sporet av.
Det var totalt 12 personer om bord i toget. Seks passasjerer og seks ansatte, ifølge Sky News.
Kraftig nedbør
Østsiden av Skottland har vært preget av kraftig regn den siste tiden. Oversvømmelser har blant annet ført til store utfordringer for kollektivtransporten i området.
Men selskapet som drifter toglinjene i Skottland sier det er for tidlig å si noe om hva som har skjedd.
Skottlands førsteminister Nicola Sturgeon betegner avsporingen som en svært alvorlig hendelse.
– Dette er en ekstremt alvorlig hendelse. Jeg har mottatt foreløpige rapporter fra Network Rail og redningstjenesten og blir løpende oppdatert. Alle mine tanker går til dem som er berørt, tvitrer Sturgeon.
Lokalpolitikeren Liam Kerr sier til The Press and Journal at han er sjokkert over hendelsen, og at det må undersøkes nøye hva som har ført til avsporingen.