Etter flere forsinkelser ble 57 fanger kjørt med to busser ut av Ketziot-fengselet i Negevørkenen og mot Vestbredden.
En tredje buss skulle ta en gruppe løslatte fanger til Gazastripen.
Løslatelsen er ment som en støtteerklæring til palestinernes president Mahmoud Abbas i hans maktkamp med Hamas.
Alle fangene er medlemmer av Mahmoud Abbas' Fatah-bevegelse.
Over 11.000 igjen
Fortsatt sitter over 11.000 palestinske fanger i israelske fengsler.
Løslatelsen skjer i forkant av et møte mellom Israels statsminister Ehud Olmert og Mahmoud Abbas i morgen.
Også palestinske og israelske forhandlere skal møtes offisielt for første gang i morgen. De skal arbeide ut en felles uttalelse til det internasjonale Midtøsten-møtet i november.