Visestatsministeren er også en av lederne i Hamas.
En talsmann for den israelske hæren bekrefter pågripelsen. Al-Shaer ble pågrepet «fordi han er medlem av en terrororganisasjon» (Hamas).
Naser al-Shaer ble pågrepet i sitt hjem i Ramallah på Vestbredden i grålysningen lørdag morgen, forteller hans kone, Huda al-Shaer.
Flere titalls jeeper med soldater sirklet rundt huset, før soldatene kom på døra, forteller hun.
– En offiser sa at min mann måtte bli med dem. Han fikk si farvel til våre fire barn først, sier Huda al-Shaer til Reuters.
To parlamentarikere fra Hamas bekrefter også pågripelsen.
Statsråder i israelsk fengsel
Israel har holdt over 20 parlamentarikere og regjeringsmedlemmer fra Hamas fengslet siden slutten av juni, da israelske styrker startet en offensiv som reaksjon på at en væpnet palestinsk gruppe i Gaza bortførte en israelsk soldat.
Tidligere i august arresterte Israel også presidenten i den palestinske nasjonalforsamlingen, Aziz Dweik, også han et sentralt medlem av Hamas.
Forkludrer regjeringsforhandlinger
Palestinernes president Mahmoud Abbas og statsminister Ismail Haniyeh ble denne uka enige om å starte forhandlinger om en palestinsk samlingsregjering, for å få slutt på den internasjonale isolasjonen av den Hamas-dominerte regjeringen.
Israels pågripelse av visestatsminister Naser al-Shaer stikker kjepper i hjulene for forsøkene på å danne en samlingsregjering, sier palestinernes sjefforhandler Saeb Erekat. Han fordømmer pågripelsen.
En samlingsregjering ville i praksis bety at Hamas anerkjente staten Israel, noe organisasjonen ikke formelt har gjort. Hamas har stilt som forhandlingsvilkår at Israel først løslater Hamas-regjeringsmedlemmer og parlamentarikere som nå sitter i israelsk fangenskap.