De to regjeringspartiene kapret mer enn halvparten av forhåndsstemmene og internettstemmene.
Opptellingen av de første 200.531 stemmene viser at Reformpartiet til statsminister Andrus Ansip har fått 34,4 prosent, mens de to koalisjonspartnerne har fått 24,1 prosents oppslutning.
Meningsmålinger har på forhånd vist at regjeringspartiene lå an til å få en oppslutning på rundt 55 prosent. Dette vil gi regjeringen et nytt mandat til å fortsette jobben med å styrke landets økonomi.
For selv om arbeidsledigheten i Estland fortsatt er høy, har regjeringen gjort en stor snuoperasjon. Da finanskrisen slo inn med full styrke i 2009, krympet økonomien med 14 prosent. Og i starten av 2010 var ledigheten på hele 20 prosent.
Nå er de offisielle ledighetstallene halvert, og nasjonalproduktet er i år ventet å vokse med 4 prosent.
– Undervurdert de sosiale problemene
Ansip har svart på den økonomiske utfordringen med stramme budsjetter, og målet var å sikre at landet kunne slutte seg til eurosonen 1. januar i år.
Opposisjonen mener han har undervurdert de sosiale problemene. Eksperter har påpekt at mange mennesker ikke har registrert seg som arbeidsledige eller rett og slett gitt opp forsøket på å lete etter jobb, og at disse ikke er fanget opp i ledighetstallene.
– Staten motarbeider skaping av nye arbeidsplasser, hevder Edgar Savisaar, som leder det største opposisjonspartiet Senterpartiet.
– Staten skal ikke skape jobber. Statens oppgave er å skape et økonomisk miljø som kan skape arbeidsplasser som tiltrekker seg utenlandske investorer, og dette er hva vi har gjort, svarer Ansip.
Ny generasjon
Ansip har sittet ved makten siden 2005, året etter at Estland sluttet seg til EU. I 2007 ble han den første estiske statsminister som ble gjenvalgt etter at landet gikk ut av Sovjetunionen for 20 år siden.
President Toomas Hendrik Ilves påpekte at søndagens valg er symbolsk viktig.
– Dette er det første valget på nasjonalforsamling der de som er født og oppvokst i det frie Estland kan stemme, sa han.