– Jeg kunngjør herved at jeg er beredt til å gå av som statsminister for å forhindre at president Xanana Gusmao går av, sa Alkatiri under en pressekonferanse i Dili.
Xanana Gusmao truet i forrige uke med å gå av som president dersom ikke Alkatiri overlot statsministerposten til en annen.
Tar ansvaret
Alkatiri anklages for å ha bidratt til volden og kaoset som de siste ukene har preget Øst-Timor, og tok mandag på seg deler av ansvaret for situasjonen.
– Jeg antar at jeg har min del av ansvaret for krisen landet er oppe i, og jeg er fast besluttet på å ikke bidra til å gjøre krisen større, sa Alkatiri.
Alkatiri blir sittende i nasjonalforsamlingen og lovet å bidra til opprettelsen av en overgangsregjering.
– Jeg er villig til dialog med presidenten for om nødvendig å bidra til dannelsen av en overgangsregjering, sa Alkatiri.
Han oppfordret samtidig militante krefter i sitt eget parti til å akseptere beslutningen, som han selv leste opp fra verandaen på statsministerboligen i Dili.
Voldelige opptøyer
De voldelige opptøyene på Øst-Timor startet i mai, etter at Alkatiri hadde gitt 600 av landets 1.400 soldater sparken. De ble beskyldt for mytteri etter at de hadde protestert mot det de oppfattet som diskriminering.
Minst 20 mennesker er blitt drept i uroen som fulgte, og en internasjonal styrke på 2.500 soldater er satt inn for å opprettholde ro og orden i den tidligere portugisiske kolonien.
Øst-Timor ble en selvstendig stat i 2002, etter å ha vært okkupert av Indonesia i over 20 år.
Dødsskvadron
Presset mot Alkatiri økte ytterligere etter at tidligere innenriksminister Rogerio Lobato ble anklaget for å ha væpnet en dødsskvadron som skulle likvidere politiske motstandere.
Anklagen ble framsatt i en australsk TV-dokumentar der det ble hevdet at statsminister Alkatiri hadde kjennskap til dødsskvadronen.
– Det ser ut til at han kjente til det, og at han beordret Lobato til å ta disse våpnene, sier Gusmao.