Det opplyser det pakistanske forsvaret i dag, etter to dagers kamper der minst 60 mennesker skal ha mistet livet.
Eksplosjoner og skuddvekslinger kunne i morgentimene høres i området rundt moskeen.
Talsmann for militæret, generalmajor Waheed Arshad, sier første fase med å få opprørerne ut av moskeen og å klargjøre området for de militante islamistene er over. Det arbeidet som nå gjenstår er å fjerne likene og lete etter udetonerte granater og minefeller.
Dødstallet usikkert
Arshad opplyser at ytterligere tre opprørere ble drept i løpet av natten og i alt 53 opprørere og åtte soldater til nå er bekreftet drept.
Se video:
Det endelige tallet på drepte vil ikke være klart før hele området er sikret.
Militæroperasjonen har tatt lang tid fordi soldatene har villet unngå å drepe noen av kvinnene og barna som antas å være i kjelleren av moskeen.
Martyr
Beslutningen om å storme moskeen er stort sett blitt mottatt positivt i opinionen i Pakistan, men det er også frykt for at drapene av opprørerne skal føre til voldelige reaksjoner fra medlemmer av andre moskeer.
Mange vil utvilsomt se på Ghazi som en martyr, og drapet av den religiøse lederen kan komme til å bli bensin på bålet for andre ekstremister, melder BBC.
De siste dagene har forsvaret utplassert tusenvis av soldater i nordvest-Pakistan, der Taliban-tilhengerne har gjennomført en rekke angrep som skal være knyttet til beleiringen av Den røde moské.
Unntakstilstand
Pakistans president Pervez Musharraf kan komme til å innføre unntakstilstand for å unngå presidentvalget og valget på nasjonalforsamling som skal holdes om noen måneder, hevder diplomatiske kilder overfor avisa The Australian.
President Musharraf var i hardt vær selv før konflikten ved moskeen. Avsettelsen av høyesterettsdommeren Iftikhar Chaudry førte til voldsomme protester og den største krisen Musharraf har stått overfor siden han tok makten for åtte år siden.
- Musharraf i knipe
- Han er i en skikkelig knipe, sier en diplomatisk kilde i Islamabad.
- Krisen med høyesterettsdommeren var ille nok. Men nå er ting mye verre, med Taliban og fundamentalister som tar til våpen på grunn av stormingen av Den røde moské.
Ved å erklære unntakstilstand vil Musharraf beholde presidentposten og utsette nasjonale og lokale valg på ubestemt tid.
Dette vil være en fordel for Musharraf, siden opposisjonen ligger an til å vinne valgene.
Det er ventet at pakistansk høyesterett kommer med sin dom over fjerningen av Chaudry i løpet de neste to ukene, og Musharraf har sagt at han vil rette seg etter den.
Les også: