Universitetets talsmann Carl Nathe sier dukken ble funnet utenfor en bygning med undervisningsrom onsdag morgen.
Dukken, som var i legemsstørrelse, ble fjernet av politiet umiddelbart etter at den ble oppdaget.
Universitetets president Lee Todd sier han personlig vil be om unnskyldning til Obama og hans familie på vegne av universitetet.
– Jeg er personlig støtt og satt i dyp forlegenhet av denne motbydelige handlingen, sier Todd.
Også ved det kristne universitetet George Fox University er en dukke som forestiller Barack Obama, blitt hengt opp i renneløkke.
I California ble en dukke som forestilte Sarah Palin, hengt på en halloweenfest.
Les:
Video: Sarha Palin som halloween-dukke.