Marian Kotleba fikk 55,5 prosent av stemmene i andre valgomgang i valget av guvernør i provinsen Banska Bystrica i det sentrale Slovakia, skriver BBC.
Josef Tiso, lederen for det slovakiske nazistregimet under krigen, hylles av Kotleba.
Kotleba er tidligere leder for et parti som ble forbudt på grunn av sine nazistiske synspunkter og leder nå det ultranasjonalistiske Vårt Slovaka-partiet.
Han har først og fremst markert seg med en serie angrep på romfolk i Slovakia og det var også det viktigste temaet i valgkampen.
I tillegg til å angripe romfolk, tok Kotleba i valgkampen til orde for at Slovakia skal trekke seg ut av NATO, som han omtaler som en terrororganisasjon.
Som regionleder kan ikke Kotleba gjøre noe med NAO-medlemskapet, men han vil ha kontroll over blant annet regionens helse- og utdanningsbudsjetter.
Forsvarte naziregime fra krigen
Den 36 år gamle tidligere gymnaslæreren har også snakket varmt for det nazistiske regimet som styrte Slovakia under 2. verdenskrig.
Slovakias statsminister Robert Fico.
Foto: Virginia Mayo / APKotleba opptrer ofte på møter i en uniform som ligner veldig på uniformen til Hlinka-vaktene, en nazistisk hird som opererte i Slovakia under krigen.
Slovakia ble under krigen styrt av et regime ledet av Josef Tiso, og var alliert med Tyskland gjennom alle krigsårene.
Anklager konservative partier
Det var regionsvalg i alle Slovakias åtte regioner søndag.
I de andre sju regionene vant kandidater fra det regjerende sosialdemokratiske partiet. Partiet overtok regjeringsmakten etter valget i 2012.
Statsmininister Robert Fico anklager partier på høyresiden for at Kotleba vant guvernørvalget i Banska Bystrica.
– Feilen ligger i grunnen hos sentrumhøyre-ledere som ikke stilte seg bak vår kandidat som kjempet mot Kotleba, sier statsminister Fico til Wall Street Journal.