Hundrevis av mennesker samlet seg i Baruwa-området da likene av to soldater drept i dagens kamper ble satt fyr på.
"Vi vil brenne dere levende" og "ned med de somaliske styrkene" var blant utropene rettet mot regjeringsstyrkene og deres etiopiske allierte.
Liket av en minst en soldat ble slept gjennom gatene etter et tau bundet rundt foten.
Døde amerikanske soldater ble utsatt for lignende behandling under USAs feilslåtte fredsbevarende operasjon i 1993.
Sivile drept i granatangrep
Dagens kamper brøt ut da opprørere åpnet ild mot bygningen til det tidligere forsvarsdepartementet, som nå huser etiopiske soldater.
Bygningen har flere ganger tidligere blitt angrepet av opprørere.
Etiopiske styrker og somaliske regjeringsstyrker svarte på angrepet med artilleriild mot Mogadishus sørlige bydeler, i et forsøk på å ta over områder de antar er hovedsete for opprørerne.
Regjeringen mener de maskerte opprørerne er medlemmer av islamist-militsen som inntil nylig kontrollerte den somaliske hovedstaden.
Tre sivile ble drept da artillerigranater traff husene deres, opplyser et vitne på stedet til nyhetsbyrået AFP.
Sterk motstand mot fremmede styrker
De etiopiske styrkene bisto den somaliske regjeringens styrker i å ta tilbake hovedstaden og de sørlige områdene av Somalia fra islamistmilitsen ICU i desember i fjor.
Den afrikanske union (AU) har i tillegg sendt en fredsbevarende styrke bestående av rundt 1500 ugandiske soldater til landet for å stabilisere situasjonen i den somaliske hovedstaden.
Mange somaliere ser imidlertid på både de etiopiske og ugandiske styrkene som inntrengere i landet.
AU-styrkene skal ikke ha blitt rammet av dagens voldshandlinger.
