Bomben, som var plassert i en veske, eksploderte inne i en butikk.
En betongvegg raste sammen, og flere ofre kan ligge fastklemt under bygningsmassene. Ifølge nyhetsbyrået Reuters ble to personer ble drept, mens DPA og AFP melder om ni drepte.
En mistenkt mann er tatt inn til avhør, men det er foreløpig ikke klart hva slags motiv som ligger bak angrepet.
Øya Jolo, som ligger sør på Filippinene, er tilholdssted for den ytterliggående muslimske gruppa Abu Sayyaf.