Statsminister Prachanda, hvis egentlige navn er Pushpa Kamal Dahal, forsøkte i helgen å avsette hærsjefen, men avgjørelsen ble satt til side av Nepals president, som ba hærsjefen bli i stillingen.
I en TV-sendt tale mandag kunngjorde Prachanda at han går av som statsminister på grunn av uenighetene.
– Jeg har gått av fra stillingen som statsminister fra og med i dag for å beskytte demokratiet og freden, sa Prachanda i talen.
Beslutningen kaster umiddelbart Nepal ut i politisk krise.
– Et angrep på demokratiet
– Presidentens ordre er et angrep på det nyfødte demokratiet og fredsprosessen, sa Prachanda videre.
Han kalte ordren en «udemokratisk og ukonstitusjonell beslutning».
– Den midlertidige grunnloven gir ikke presidenten noen rett til å opptre som parallell makt, sa han.
Krisen kommer på et tidspunkt der grunnloven er under omskriving og hvor mange forhold ikke er avklart, blant annet hvem som har fullmaktene til å avskjedige hærsjefen.
Maoistene tok beslutningen om å avsette hærsjefen søndag i et regjeringsmøte der to av koalisjonspartnerne forlot møtet i protest mot beslutningen. Blant dem er Nepals kommunistparti (Forente marxist-leninister), som nå har trukket seg fra regjeringen.
Fredsprosess truet
Krisen truer med å undergrave hele Nepals fredsprosess som i 2006 gjorde slutt på en ti år lang borgerkrig. Maoistene vant valget i fjor og dannet deretter regjering.
Striden om hærsjefen utløste demonstrasjoner og motdemonstrasjoner i Nepals hovedstad Katmandu i dag.
Tusener av maoisttilhengere viste sin støtte til regjeringens beslutning om å avsette hærsjefen. Flere demonstrasjoner begynte samtidig på forskjellige steder i byen og samlet seg seinere i sentrum.
Tidligere mandag hadde opposisjonspartiet Kongresspartiets tilhengere stoppet trafikken i byen ved å brenne bildekk og rope slagord mot maoistene og regjeringen.
Det var ingen meldinger om sammenstøt, men opprørspoliti i kamputstyr var mobilisert og patruljerte sentrale områder i byen.
19.000 geriljasoldater
Hærsjefen har nektet å ta de 19.000 maoistiske geriljasoldatene som nedla sine våpen, inn i regjeringshæren, selv om det var et sentralt krav fra maoistene i fredsprosessen.
De 19.000 oppholder seg fortsatt i leirer som overvåkes av FN-personell. Regjeringshæren har 93.000 soldater og offiserer.
Nepals militære anklager maoistene for ikke å ha oppfylt løfter om blant annet å oppløse ungdomsorganisasjonens halvmilitære strukturer og for ikke å levere tilbake eiendom og annet som de tok under borgerkrigen.
Diktatorisk makt?
Presidentens beslutning om å motsette seg den maoistiske regjeringens avgjørelse understreker det mange nepalske opposisjonspolitikere frykter er en gradvis, snikende maktovertakelse fra maoistenes side. De er blitt kritisert for å innsnevre pressefriheten i landet og for å bruke vold mot opponenter.
– Jeg tror presidenten ser at han er den eneste autoriteten som kan motvirke det han ser som et maoistisk press for totalitært styre, sier redaktøren av avisen Nepali Times, Kunda Dixit, til nyhetsbyrået Reuters.
Maoistene anklager på sin side hærsjefen for å ha rekruttert 2.800 nye soldater og for å ha gjeninnsatt åtte generaler uten å ha konferert med regjeringen.