Alderen til de drepte guttene er ukjent. BBC melder at begge var under syv år.
– De to guttene ble feilaktig identifisert som opprørere og skutt under kamper i Uruzgan-provinsen sør i landet, sier lederen for den NATO-ledede ISAF-styrken, general John Dunford i en pressemelding.
Lørdag avla en gruppe afghanere og etterforskere fra ISAF-styrken et besøk til guttenes landsby og møtte lokale ledere der.
ISAF-styrken karakteriserer angrepet som en tragedie og tar fullt og helt ansvar for det.
– Jeg ber personlig om unnskyldning og sender mine dypeste kondolanser til deres familier, sier Dunford.
Skytingen fant sted i Uruzgan-provinsen, der 1500 australske soldater tjenestegjør. Ifølge nyhetsbyrået AFP var det australske soldater som åpnet ild mot guttene.
NATO etterforsker nå drapene som skjedde på torsdag.
13. februar i år ble ti sivile drept i et luftangrep som NATO-styrken gjennomførte i Afghanistan.
