Under demonstrasjonen ble det skutt røykbomber og nødbluss mot politihelikoptre som sirklet over marsjen. Likevel grep ikke politiet inn.
Den årlige marsjen blir avholdt samme dag som Russland markerer at det er 400 år siden polske invasjonsstyrker ble kastet ut av Moskva.
Demonstrasjonen samlet et bredt spekter av nasjonalister samtidig som Putin sliter med den største politiske motstanden han har opplevd i løpet av de tolv årene han har vært president og statsminister.
– Still Putins klikk for retten, ropte enkelte av demonstrantene mens de bar på svarte og gule flagg fra tiden før revolusjonen i 1917.
– Vi slo Hitler, vi vil slå Putin, lød et annet slagord.
Første gang
Ifølge arrangørene deltok 20.000 i marsjen. Det er første gang det er gitt tillatelse til en slik marsj i sentrum av hovedstaden.
En av arrangørene, Aleksandr Belov, retter sterk kritikk mot Putin.
– Putin leder en kriminell gjeng. Folk er lei av ham, sier han.
– Vi vil at det skal være ekte politikk, og ikke oppdiktet, i Russland. De beste folkene tvinges nå til å forlate landet og dra til Vesten.
Belov anklager Putin for å neglisjere landets slaviske befolkning og for å ikke bry seg om den ulovlige innvandringen.
Naziforbud
Det var forbudt med nazistiske symboler og provokasjoner under marsjen, og ifølge nyhetsbyrået RIA Novosti ble 25 menn med nazisymboler pågrepet ved en metrostasjon i sentrum.
Russiske menneskerettsaktivister har advart mot at fremmedfiendtligheten i Russland øker, og at stadig flere russere sympatiserer med nasjonalistene.
- LES OGSÅ: – Russland for russere!