Den langvarige uroen har gjort det muslimske området på Mindanao til det fattigste på Filippinene. Den usikre situasjonen, høy arbeidsledighet og lite skoletilbud har gitt grobunn for kriminalitet og islamsk ekstremisme.
Minst 150.000 mennesker er blitt drept i konflikten mellom myndighetene, muslimske opprørsgrupper og kommunistgeriljaen de siste 50 åra.
Men nå håper altså Filippinenes president Rodrigo Duterte at muslimsk selvstyre skal være veien til fred.
Duterte tok selv i ed Murad Ebrahim som midlertidig leder for den nye, muslimsk-kontrollerte regionen. Ebhraim er sjef for den største opprørsgruppa Moro islamske frigjøringsfront (MILF). Han har fortalt at han møtte Osama bin Laden da han trente i Afghanistan.
Presidentens valgkampløfte
MILF har i flere tiår kjempet for indre selvstyre for det muslimske mindretallet. Katolikkene er i flertall på Filippinene.
De neste åra skal krigerne i MILF avvæpnes på landets nest største øy mens kommandantene får ansvaret for å sikre utvikling og en fredelig framtid.
Geriljaleder Ebrahim er klar på at overgangen fra rebell til regjering kan bli stor. Han skal gi unge nytt håp og en meningsfylt hverdag.
Presidenten, som selv kommer fra Mindanao, lover å følge opp med økonomisk støtte. Han kan samtidig krysse av nok et valgkampløfte.
– Veien til fred kan være lang og tøff, men jeg er glad for at vi endelig har kommet til et endepunkt, sa president Duterte under en høytidelig seremoni i Manila før helga.
Norge er involvert
Norge var blant de få landene som var invitert, og til stede, under den symbolske innsettelsesseremonien i presidentpalasset. Norge har vært med i prosessen siden 2010 og skal nå arbeide med å avvæpne opptil 40.000 opprørere.
– Opprettelsen av selvstyreområdet Bangsamoro er et gjennombrudd etter 50 år med konflikt. Selv om flere utfordringer gjenstår, er dette en unik mulighet for varig fred sør på Filippinene, sier Norges spesialutsending til fredsprosessen på Filippinene, Idun Tvedt.
Flere væpnede grupper kan ødelegge
Forrige måned sa 85 prosent av befolkningen ja til Bangsamoro (Moros nasjon). En fredsavtale kom på plass i 2014. I fjor godkjente parlamentet loven som åpner for autonomi.
Det er flere væpnede grupper på Mindanao, blant dem Abu Sayyaf og Bangsamoro Islamic Freedom Fighters (BIFF). De er ikke er en del av avtalen. Kommunistgeriljaen har egne samtaler.
Overgangsstyret får nå ansvaret for å redusere spenningene. De skal også ta hånd om infrastruktur, utdanning, helse og sosiale goder. Det bor rundt fem millioner muslimer i Bangsamoro.
Mindanao er rikt på naturressurser som olje og gass, fisk og landbruk, men konflikten har gjort økonomisk utvikling vanskelig til nå.
Tidligere geriljaledere og presidentens håndplukkede folk, til sammen 80 personer, skal styre området, formelt kalt «Bangsamoro Autonomous Region in Muslim Mindanao» (BARMM), inntil regionens første valg i 2022. Myndighetene i Manila skal fortsatt ha kontrollen over forsvaret, sikkerheten og utenrikspolitikken.
I 2017 plantet islamske opprørere IS-flagget i Marawi. Det er landet største muslimske by. Utenlandske IS-sympatisører deltok også i kampene, som varte i fem måneder. Marawi er nå et viktig område for MILF, og en del av den nye selvstyrte regionen.
Frykten er likevel at fremmedkrigere på flukt fra Irak og Syria, finner radikale miljøer i Malaysia og Indonesia. Derfra er veien kort til jungel- og fjellområdene i Mindanao.
Norge er også tilrettelegger for fredssamtalene med den kommunistiske geriljaen NDFP. Forhandlingene ble brutt i november 2017, men forrige uke sa president Duterte, ifølge lokale medier, at geriljaens forhandlingsteam kan komme tilbake.