Politiet valgte fredag å varetektsfengsle Musharraf.
Beslutningen betegnes som et oppsiktsvekkende brudd med en politisk kultur der militære makthavere har vært regnet som hevet over reaksjoner fra det sivile rettsapparatet.
Musharraf stakk av etter at det var utstedt arrestordre mot ham torsdag. Fredag kom han tilbake til rettsbygningen for å overgi seg, men dommeren nøyde seg med å gi ham to dagers husarrest og beordret han til å møte i retten igjen om to dager.
- Les:
Gjestehus
– Han er flyttet til et av politiets gjestehus, der han skal oppholde seg de neste to dagene, sier Musharrafs talsmann Mohammad Amhjad til nyhetsbyrået Reuters.
Den statlige nyhetskanalen Radio Pakistan avviste på sin side at Musharraf hadde meldt seg frivillig.
Musharraf hadde håpet å gjenvinne en viss innflytelse ved å stille som kandidat ved valget på ny pakistansk nasjonalforsamling i mai.
Pakistansk høyesterett har slått fast at han verken får stille opp ved valget eller forlate landet.
Pervez Musharraf kom til makten i et militærkupp i 1999 og styrte Pakistan de neste ti årene. Etter at han ble tvunget til å gå av i oktober 2008, forlot han Pakistan, men i mars vendte han hjem for å stille opp i valget.
Han fikk ingen heltemottakelse. Høyesterett slo fast at han i stedet ville bli stilt for riksrett i forbindelse med at han sparket dommere og innførte unntakstilstand i 2007.
Den folkevalgte statsministeren han avsatte i 1999, Nawaz Sharif, er favoritt i det kommende valget.
Politisk ferdig
Fredag slo domstolen fast at Musharraf må møte for en terrordomstol i Rawalpindi, siden pågripelsen av dommere kan ansees som et angrep mot den pakistanske stat. Det kan straffes med døden eller livsvarig fengsel.
Musharraf anklages også for å ha deltatt i en sammensvergelse som sto bak drapet på opposisjonslederen Benazir Bhutto i 2007 og en opprørsleder året før.
I Pakistan, der de militære har styrt med hard hånd i over halvparten av tiden etter at landet ble uavhengig for 66 år siden, er en slik behandling av ledende offiserer ikke dagligdags.
Pakistanske kommentatorer er overbevist om at Musharraf nå er ferdig som politiker og frykter at rettssaken mot ham helt skal overskygge det forestående valget.
Dagens regjering er den første sivile regjeringen som har sittet ut hele perioden i Pakistans historie, og valget blir derfor sett på som historisk.
– Rettsvesenet gjør for mye ut av dette. De burde vise tilbakeholdenhet. De kan innvilge kausjon nå og ta opp saken igjen etter valget, som bør være førsteprioritet, sier den politiske analytikeren Hasan Askari.
Vil kjempe
Musharrafs luksusbolig var i morgentimene fredag omringet av politi og presse, og ekspresidenten selv lovet å ta opp kampen mot rettsvesenet.
– Anklagene mot meg er politisk motiverte, og jeg vil kjempe mot dem i retten. Sannheten skal komme for en dag, lover han på Facebook-siden sin.
– Vi vil fremme en begjæring om at han må slippe varetekt, supplerer forsvareren Ahmad Raza Kasuri.