Museveni har fått 59,6 prosent av stemmene, mot 37,3 prosent til Besigye, etter at snaut 8 prosent av stemmene er telt opp, ifølge Ugandas valgkommisjon.
Resultatet står i motsetning til en valgdagsmåling som ga Besigye en knapp ledelse over Museveni. Målingen, basert på en halv million stemmer, ga Besigye 48,5 prosent av stemmene, mot 47,5 prosent til sittende president Museveni.
Uganda har 10,4 millioner registrerte velgere. Torsdagens valg var det første flerpartivalget i Uganda siden Museveni kom til makten i 1986.